Bởi vì:
-Gram âm thì có màng ngoài nhưng Gram dương thì không.
-Gram âm thì có axit teicoic còn Gram dương thì không.
-Gram âm thì có khoang chu chất còn Gram dương thì không.
-Gram âm thì có lớp peptiđôglican mỏng còn Gram dương thì dày.
Vì gram âm có lớp peptiđôglican còn gram dương thì có lớp dày (lớp dày ở gram dương sẽ giữ nguyên màu sắc)
-Gram âm thì có màng ngoài nhưng Gram dương thì không
-Gram âm có lớp peptiđôglican còn dương thì có lớp giày
-Gram âm có chu chất còn Gram dương thì không
-Gram aamcos axit teicoic còn Gram dương thì không có
Vi khuẩn có đặc điểm là lớp peptidoglycan dày ở thành tế bào giúp giữ các phức hợp tím tinh thể nên sau khi nhuộm gram sẽ bắt màu tím sẫm Gentian và không bị tẩy màu sau dùng cồn tẩy 950. Những vi khuẩn này sẽ được phân loại là vi khuẩn gram dương như: tụ cầu, phế cầu, liên cầu,... Vi khuẩn có lớp peptidoglycan mỏng hơn và có thêm lớp màng lipopolysaccharide bên ngoài không thể giữ lại phức hợp tím tinh thể-iod và sẽ bị khử màu. Sau đó khi dùng dung dịch Fuchsin phủ lên thì những vi khuẩn này sẽ bắt màu đỏ hoặc hồng. Các vi khuẩn này sẽ được phân loại là vi khuẩn gram âm.
Vì vi khuẩn Gram dương và Gram âm có cấu tạo vách tế bào khác nhau, do đó khi thực hiện nhuộm thì chúng sẽ bắt màu các thuốc nhuộm khác nhau. Lớp vách tế bào mang tính quyết định đến tính chất bắt màu trong quá trình nhuộm.
Vi khuẩn Gram dương và Gram âm có cấu tạo vách tế bào khác nhau, do đó khi thực hiện nhuộm thì chúng sẽ bắt màu các thuốc nhuộm khác nhau. Lớp vách tế bào mang tính quyết định đến tính chất bắt màu trong quá trình nhuộm.