vì Cây phát sinh là một sơ đồ hình cây phát sinh những nhánh từ một gốc chung (tổ tiên chung). Các nhánh ấy lại phát sinh những nhánh nhỏ hơn từ những gốc khác nhau và tận cùng bằng một nhóm động vật. Kích thước của các nhánh trên cây phát sinh càng lớn bao nhiêu thì số loài của nhánh đó càng nhiều bấy nhiêu. Các nhóm có cùng nguồn gốc có vị trí gần nhau thì có quan hệ họ hàng gần với nhau hơn. Ví dụ: Cá, Bò sát, Chim và Thú có quan hệ họ hàng gần với nhau hơn so với Giáp xác, Nhện và Sâu bọ.
Tại sao các loài động vật cùng nhánh trong cây phát sinh lại có quan hệ họ hàng gần hơn những loài khác nhánh ?
- Mô hình phân nhánh trong cây phát sinh loài phản ánh cách các loài hoặc các nhóm khác tiến hóa từmột loạt các tổ tiên chung.
- Ở cây, hai loài có quan hệ họ hàng với nhau nhiều hơn nếu chúng có tổ tiên chung gần đây hơn và ít liên quan hơn nếu chúng có tổ tiên chung gần đây hơn.
- Cây phát sinh loài có thể được vẽ theo nhiều kiểu tương đương khác nhau. Việc xoay cây về các điểm nhánh của nó không làm thay đổi thông tin mà nó mang theo.