Ngày xửa ngày xưa, có một đôi vợ chồng già không có con, tuổi cao mà vẫn phải kiếm củi nuôi thân. Thấy họ tốt bụng, Ngọc Hoàng bèn sai thái tử xuống đầu thai làm con trai họ. Mọi người gọi cậu bé là Thạch Sanh, cậu bé trưởng thành thì cả hai vợ chồng đều mất.
Thạch Sanh sống ở túp lều bên gốc đa, tài sản chỉ có chiếc rìu sắt cha để lại, chàng đốn củi để nuôi thân mình. Ngọc Hoàng sai thiên thần dạy cho Thạch Sanh nhiều phép thần thông và võ nghệ, bởi vậy chàng có sức mạnh phi thường. Lí Thông thấy Thạch Sanh khỏe mạnh liền mời chàng kết nghĩa anh em để lợi dụng. Năm đó đến lượt Lí Thông phải nộp mạng cho trằn tinh gian ác, mẹ con hắn lừa Thạch Sanh đến chỗ trằn tinh để mình thoát chết. Thạch Sanh nhờ có phép thần thông nên giết được trằn tinh, cướp được cung tên vàng. Lí Thông lại bày mưu lừa Thạch Sanh trở về gốc đa, hắn đem đầu trằn tinh lên lĩnh thưởng.
Nhà vua có một cô con gái xinh đẹp, vua đã tổ chức kén rể cho nàng, nhưng không may vào đúng hôm ấy, công chúa đã bị đại bàng quắp đi. Thạch Sanh vô tình biết nơi đại bàng giấu công chúa. Lí Thông lại một lần nữa nhờ Thạch Sanh cứu công chúa. Thạch Sanh sau một hồi giao chiến đã giết chết đại bàng, cứu được công chúa. Lí Thông đã lấp cửa hang để Thạch sanh không ra khỏi đó được. Trong hang, chàng đã cứu được con trai vua Thủy Tề, chàng được vua tặng cho một cây đàn thần.
Hồn ma của trằn tinh và đại bàng vì uất hận đã bày mưu ăn trộm vàng bạc của vua giấu ở gốc đa để vu họa khiến Thạch Sanh bị bắt giam. Công chúa sau khi trở về lại không nói, không cười. Kì lạ thay sau khi nghe tiếng đàn của Thạch Sanh trong ngục bèn cất tiếng nói sai người mời chàng tới. Thạch sanh kể hết mọi sự tình cho vua nghe, vua đã gả công chúa cho chàng. Chàng tha cho hai mẹ con Lí Thông về quê làm ăn nhưng trên đường chúng bị sét đánh biến thành con bọ hung.
Bấy giờ hoàng tử các nước chư hầu đến cầu hôn không lấy được công chúa bèn giấy binh nổi loạn. Thạch Sanh gảy đàn thần khiến họ bại trận. Trước khi về, quân lính các nước còn được thết đãi một bữa no nê nhờ niêu cơm thần của chàng. Vua không có con trai nên đã nhường lại ngôi cho Thạch Sanh làm vua.
Thạch Sanh vốn là thái tử (con Ngọc Hoàng), được phái xuống làm con vợ chồng người nông dân nghèo khổ nhưng tốt bụng. Chàng sớm mồ côi cha mẹ, sống lủi thủi dưới gốc đa, hái củi kiếm sống qua ngày.
Lí Thông - một người hàng rượu - thấy Thạch Sanh khỏe mạnh hắn giả vờ kết nghĩa anh em để lợi dụng. Đúng dịp Lí Thông đến lượt phải vào đền cho chằn tinh hung dữ ăn thịt, hắn bèn lừa Thạch Sanh đến nộp mạng thay cho mình. Thạch Sanh đã giết chết chằn tinh. Lí Thông lại lừa cho Thạch Sanh bỏ trốn rồi đem đầu chằn tinh vào nộp cho vua để lĩnh thưởng, được vua phong làm Quận công.
Nhà vua có công chúa đến tuổi kén chồng. Trong ngày hội lớn, công chúa bị đại bàng khổng lồ quắp đi. Qua gốc đa chỗ Thạch Sanh đang ở, nó bị chàng dùng cung tên bắn bị thương. Thạch Sanh lần theo vết máu, biết được chỗ đại bàng ở. Vua mất công chúa, vô cùng đau khổ, sai Lí Thông đi tìm, hứa gả con và truyền ngôi cho. Lí Thông lại nhờ Thạch Sanh cứu công chúa rồi lừa nhốt chàng dưới hang sâu.
Thạch Sanh giết đại bàng, lại cứu luôn thái tử con vua Thủy Tề bị đại bàng bắt giam trong cũi cuối hang từ lâu. Theo chân thái tử, chàng xuống thăm thuỷ cung, được vua Thuỷ Tề khoản đãi rất hậu, tặng nhiều vàng bạc nhưng chàng chỉ xin cây đàn thần rồi lại trở về gốc đa.
Từ khi được cứu về, công chúa không cười không nói. Hồn chằn tinh và đại bàng trả thù, vu vạ cho Thạch Sanh khiến chàng bị nhốt vào ngục. Chàng đánh đàn, công chúa nghe thấy liền khỏi bệnh câm. Thạch Sanh được vua cho gọi lên. Chàng kể lại rõ mọi việc. Vua giao cho chàng xử tội mẹ con Lí Thông. Được chàng tha bổng nhưng hai mẹ con trên đường về đã bị sét đánh chết, hoá kiếp thành bọ hung.
Thạch Sanh được nhà vua gả công chúa cho. Các nước chư hầu tức giận đem quân sang đánh. Thạch Sanh lại lấy đàn ra gảy khiến quân địch quy hàng. Ăn không hết niêu cơm nhỏ của Thạch Sanh, quân sĩ mười lăm nước kính phục rồi rút hết. Nhà vua nhường ngôi báu cho Thạch Sanh.
