- hoại sinh : hầu hết vi khuẩn không màu không có chất diệp lục như ở thực vật nên những vi khuẩn này không tự chế được chất hữu cơ, chúng phải sống bằng các chất hữu cơ có sẵn trong xác động vật, thực vật đang phân hủy ( hoại sinh)
- kí sinh: vi khuẩn sống nhờ trên cơ thể sống khác
- tự dưỡng: một số vi khuẩn có khả năng tự dưỡng ( 2 nhóm)
+ nhóm vi khuẩn quang hợp chế tạo thức ăn từ chất vô cơ nhờ năng lượng ánh sáng mặt trời: đó là các vi khuẩn có chứa chất màu xanh hoặc màu tía đặc trưng của vi khuẩn, và không phải là chất diệp lục như ở thực vật. chúng còn được gọi là vi khuẩn hiếu khí
+ nhóm vi khuẩn hóa tổng hợp sử dụng năng lượng sinh ra từ các phản ứng oxi hóa các chất vô cơ như để chế tạo ra chất hữu cơ. Những vi khuẩn thuộc nhóm này sống trong điều kiện thiếu ánh sáng, chúng không đòi hỏi sự có mặt của oxi trong không khí: chúng là những vi khuẩn kị khí
