- Khu Hoàng Liên Sơn:
+ Đá mác ma xâm phập và phun trào.
+ Địa hình núi trung bình và cao trên 2000 – 3000m.
+ Khí hậu lạnh quanh năm, mưa nhiều.
+ Đất mùn núi cao.
+ Rừng ôn đới trên núi.
- Khu cao nguyên Mộc Châu:
+ Địa hình núi thấp (dưới 1000m), đá vôi là chủ yếu.
+ Khí hậu cận nhiệt vùng núi, lượng mưa và nhiệt độ thấp.
+ Đất feralit nâu đỏ trên đá vôi.
+ Rừng và đồng cỏ cận nhiệt (vùng chăn nuôi bò sữa).
- Khu đồng bằng Thanh Hóa.
+ Địa hình bồi tụ phù sa thấp và bằng phẳng.
+ Khí hậu cận nhiệt đới.
+ Đất phù sa.
+ Rừng nhiệt đới (thay bằng hệ sinh thái nông nghiệp).