Trong quá trình lai tạo cây lúa chịu hạn, các nhà khoa học có thể sử dụng các chỉ thị phân tử liên kết với gen chịu hạn để xác định cây con có gen này ngay từ giai đoạn mầm.
Thay vì trồng và thử nghiệm từng cây trong điều kiện khô hạn, chỉ thị phân tử giúp xác định nhanh chóng các cây có khả năng chịu hạn.
=> Giúp tiết kiệm thời gian và chi phí, tăng hiệu quả trong việc tạo ra giống lúa có khả năng thích nghi với điều kiện khắc nghiệt.