- Nhà Trần khẩn trương chuẩn bị kháng chiến, tăng cường phòng thủ ở những nơi hiểm yếu, nhất là vùng biên giới và vùng biển.
- Cuối tháng 12 — 1287, khoảng 30 vạn quân Nguyên tràn vào nước ta. Quân bộ do Thoát Hoan chỉ huy, vượt biên giới đánh vào Lạng Sơn đến Bắc Giang rồi kéo về Vạn Kiếp. Quân thuỷ do Ô Mã Nhi chỉ huy theo đường biển tiến vào sông Bạch Đằng, rồi cùng tiến về Vạn Kiếp.
- Tại Vân Đồn, Trần Khánh Dư chỉ huy triển khai quân mai phục, khi đoàn thuyền lương của Trương Văn Hổ đến, quân Trần tấn công quyết liệt, nhiều thuyền lương bị đánh chìm, một số còn lại quân ta chiếm.
- Cuối tháng 1-1288, thực hiện "Vườn không nhà trống", Thoát Hoan kéo quân vào kinh thành Thăng Long trống vắng. Sau trận Vàn Đồn, tình thế quân Nguyên rời vào khó khăn, lương thực ngày càng cạn kiệt, quân giặc ở Thăng Long . Thoát Hoan quyết định rút quân về Vạn Kiếp và rồi rút quân về nước theo hai đường thuỷ, bộ.
- Nhà Trần mở cuộc phản công ở cả hai mặt trận thuỷ, bộ :
+ Chiến thắng Bạch Đằng tháng 4-1288, đoàn thuyền của Ô Mã Nhi rơi vào trận địa bãi cọc trên sông Bạch Đằng do quần Trần bố trí từ trước, cuộc chiến đấu ác liệt diễn ra, Ô Mã Nhi bị bắt sống.
+ Trên bộ, Thoát Hoan dẫn quân từ Vạn Kiếp theo hướng Lạng Sơn rút về Trung Quốc, bị quân ta liên tục chặn đánh.
- Cuộc kháng chiến lần thứ ba chống quân xâm lược Nguyên kết thúc thắng lợi
cắt đứt nguồn lương thực,đẩy giặc vào thế trạng khốn đốn
