Mỗi tác nhân có tác dụng gây đột biến khác nhau. Tùy thuộc vào đối tượng và mục đích sử dụng mà người ta chọn các tác nhân khác nhau như tia phóng xạ có sức xuyên sâu vào các mô dễ gây đột biến gen và đột biến NST, tia tử ngoại sức xuyên kém nên dùng xử lí các vật liệu có kích thước nhỏ, mỗi loại hóa chất có tác động riêng biệt, đặc thù đối với loại nuclêôtit nhất định của gen… Chính vì vậy người ta phải chọn tác nhân cụ thể khi gây đột biến.