Giao phối không ngẫu nhiên không làm thay đổi tần số alen nhưng làm thay đổi tần số kiểu gen của quần thể theo hướng làm tăng tần số kiểu gen đồng hợp giảm dần tần số kiểu gen dị hợp. Do vậy, giao phối không ngẫu nhiên là 1 nhân tố tiến hóa, chúng làm nghèo vốn gen của quần thể, làm giảm dần sự đa dạng di truyền.