Bài văn chia thành 3 đoạn:
- Đoạn 1 (Từ đầu đến những xóm làng, nương ngô, bãi mía nằm rải rác: Giới thiệu vị trí địa lí và lối vào động Phong Nha.
- Đoạn 2 ( Từ Phong Nha gồm hai bộ phận đến tiếng chuông nơi cảnh chùa): Miêu tả cảnh trong động Phong Nha.
- Đoạn 3 (còn lại): Giá trị của động Phong Nha trong việc khai thác du lịch, thám hiểm, nghiên cứu.