Vi sinh vật không phải là 1 đơn vị phân loại mà là một nhóm sinh vật có những đặc điểm chung nhất định (xem khái niệm Vi sinh vật). Vi sinh vật gồm nhiều đơn vị phân loại khác nhau ví dụ Vi khuẩn thuộc giới Khởi sinh, nấm đơn bào thuộc giới Nấm; tảo đơn bào, nấm nhầy, trùng roi, .. thuộc giới Nguyên Sinh...Hầu hết tài liệu còn xếp virut vào nhóm Vi sinh vật
- vi sinh vật không được xem là đơn vị phân loại vì: Vi sinh vật là từ dùng chỉ các sinh vật có kích thước nhỏ, các vi sinh vật có thể thuộc các giới như: giới khởi sinh, giới nguyên sinh và giới nấm.
