Hô hấp cung cấp tất cả năng lượng cho các hoạt động của cây. Nếu như trong quang hợp, năng lượng ánh sáng mặt trời được tích luỹ vào trong các chất hữu thì trong quá trình hô hấp, năng lượng đó được giải phóng ra để lại cung cấp cho các hoạt động sống của cây như quá trình phân chia và sinh trưởng của tế bào, của cây; quá trình hút và vận chuyển nước, vật chất trong cây; quá trình vận động… Quá trình hô hấp sản sinh ra nhiều hợp chất trung gian mà chúng lại là nguyên liệu khởi đầu cho việc tổng hợp nên các chất hữu cơ khác nhau trong cơ thể. Do đó, không nên xem hô hấp như là quá trình phân giải đơn thuần mà nó còn mang ý nghĩa tổng hợp vật chất nữa. Hô hấp tạo nên cơ sở năng lượng và nguyên liệu giúp cây chống chịu với các điều kiện ngoại cảnh bất thuận như chịu bệnh, chịu nóng, chịu phân đạm, chịu rét…
Quá trình trao đổi chất trong đó có sử dụng oxi và thải CO2 ngoài ánh sáng. Quá trình này xảy ra song song với quá trình quang hợp và chỉ có ở thực vật C3 (x. Thực vật C3). Bản thể của HHS là axit glicolic (CH2 ― OH ― COOH) được hình thành trong lục lạp từ những hợp chất trung gian của quá trình quang hợp. HHS là sự oxi hoá axit glicolic do hệ oxiđaza đảm nhận nhờ sự phối hợp của 3 bào quan: lục lạp, peroxisom và ti thể. HHS sử dụng 50% lực khử tích luỹ và 20% - 50% sản phẩm của quang hợp. Như vậy, HHS đã làm giảm ở mức cao nhất là một nửa năng suất thực vật (chủ yếu là năng suất cây trồng nhóm C3). Về bản chất, quá trình này gây lãng phí cacbon và năng lượng, sử dụng nhiều ATP hơn là tạo ra cháy. Nhưng HHS là quá trình tất yếu của hầu hết thực vật bậc thấp và bậc cao, nó đã cung cấp cho thực vật một số sản phẩm nhất định như một số axit amin.
Do ý nghĩa về mặt kinh tế nên có nhiều biện pháp kìm hãm quá trình này đã và đang được nghiên cứu, áp dụng trên thực tiễn. Vd. tăng nhân tạo tỉ lệ CO2 và O2 trong các nhà kính (tăng nồng độ CO2, giảm nồng độ O2) đã làm tăng năng suất cây cà chua từ 30% - 100%. Trong chọn giống, người ta chú ý chọn những cây có HHS thấp, dùng các chất kìm hãm HHS của cây trồng C3 để nâng cao năng suất, vd. đỗ tương, lúa mì... (Xt. Thực vật C4). HHS đôi khi còn bị gọi nhầm là hô hấp ánh sáng.
