1: Cấu tạo của trùng biến hình rất đơn giản còn của trùng giày rất phức tạp.
2: Trùng biến hình di chuyển nhờ chân giả còn trùng giày di chuyển nhờ lông bơi.
3: Trùng biến hình lấy thức ăn nhờ chân giả còn trùng giày nhờ lông bơi đưa vào miệng.
4: - Trùng biến hình sinh sản vô tính theo hình thức phân đôi
- Trùng giày thì sinh sản vô tính theo hình thức phân đôi, sinh sản tiếp hợp.
5: - Trùng biến hình bài tiết ở bất kì bộ phận nào trên cơ thể còn trùng giày bài tiết qua lỗ thoát ở thành cơ thể.