Cũng giống như thời Lý, bộ máy quan lại thời Trần được tổ chức theo chế độ quân chủ trung ương tập quyền, gồm ba cấp:
- Cấp triều đình:
+ Đứng đầu là vua. Thời Trần thực hiện chế độ Thái thượng hoàng. Các vua thường nhường ngôi sớm cho con và tự xưng là Thái thượng hoàng, cùng với vua (con) quản lí đất nước.
+ Đặt thêm một số cơ quan như Quốc sử viện, Thái y viện, Tôn nhân phủ và một số chức quan như Hà đê sứ, Khuyến nông sứ, Đồn điền sứ...
+ Quy định cụ thể thời hạn để xem xét việc thưởng, phạt quan lại.
+ Các quý tộc họ Trần được phong vương hầu, ban thái ấp. Quan lại được cấp bổng lộc. Các chức đại thần văn, võ phần lớn do người họ Trần nắm giữ.
- Cấp đơn vị hành chính trung gian: Gồm từ lộ đến phủ, huyện, châu.
+ Cả nước được chia lại thành 12 lộ. Đứng đầu lộ có các chức chánh, phó An phủ sứ.
+ Dưới lộ là phủ, do chức tri phủ cai quản;
+ Châu, huyện do các chức tri châu, tri huyện trông coi.
- Cấp hành chính cơ sở: là xã, do xã quan đứng đầu.
