- Điểm mạnh:
+ Địa hình, đất: Đông Nam Bộ là vùng chuyển tiếp giữa Tây Nguyên và Đồng bằng sông Cửu Long. Đất ba-dan màu mỡ chiếm khoảng 40% diện tích tự nhiên của vùng. Đất xám bạc màu trên phù sa cổ chiếm tỉ lệ nhỏ, có khả năng thoát nước tốt. Địa hình và đất thuận lợi cho đời sống, sản xuất, đặc biệt là phát triển các vùng chuyên canh cây công nghiệp, cây ăn quả quy mô lớn
+ Khí hậu cận xích đạo với nền nhiệt cao, lượng mưa lớn, trong năm có mùa mưa và mùa khô phân hoá rõ rệt, thuận lợi cho các hoạt động kinh tế diễn ra quanh năm và các loại cây trồng nhiệt đới phát triển tốt.
+ Nguồn nước: Vùng có nhiều sông, hồ lớn như: sông Đồng Nai, sông Bé, sông Sài Gòn, hồ Trị An, hồ Dầu Tiếng,... Sông, hồ có ý nghĩa đối với nông nghiệp, nuôi trồng thuỷ sản, thuỷ điện, giao thông,... Nguồn nước ngầm phong phú, một số điểm nước khoáng ở Bình Châu (Bà Rịa – Vũng Tàu) có thể phát triển du lịch.
+ Rừng tập trung chủ yếu ở Đồng Nai, Bình Phước; phần lớn là rừng phòng hộ và rừng đặc dụng. Các vườn quốc gia (Cát Tiên, Bù Gia Mập,...) và khu dự trữ sinh quyển thế giới (Cần Giờ, Đồng Nai) có đa dạng sinh học cao. Rừng ở Đông Nam Bộ có ý nghĩa lớn đối với môi trường và phát triển du lịch.
+ Biển, đảo: Vùng biển rộng lớn, nguồn lợi hải sản phong phú. Ở thềm lục địa có dầu mỏ và khí tự nhiên, trong đó dầu mỏ chiếm 93,3 % trữ lượng của cả nước. Ven biển, đảo có các bãi tắm, phong cảnh đẹp như ở Vũng Tàu, Côn Đảo,... Đây là điều kiện thuận lợi để vùng phát triển tổng hợp các ngành kinh tế biển.
- Hạn chế: tình trạng thiếu nước, xâm nhập mặn, hạn hán trong mùa khô,... ảnh hưởng đến hoạt động sản xuất và đời sống người dân trong vùng.