Tàu qua kênh Panama phải đóng cước phí rất cao. Nếu không đi qua kênh đào mà đi bằng đường biển thì đường gần nhất là 10.585 hải lý (19.603,5 km). Như vậy đường đi sẽ dài gấp 245 lần và thời gian trên biển sẽ hơn một tháng (gấp khoảng 90 lần thời gian qua kênh). Một tàu 60.000 tấn một ngày tiêu thụ khoảng 35 tấn dầu đốt và giá thuê tàu cũng vài chục ngàn USD, như vậy không qua kênh còn tốn gấp trăm lần trong khi đường biển xuống cực nam châu Mỹ lại rất nguy hiểm vì nước xoáy và từ trường lớn nên qua kênh là sự lựa chọn duy nhất.Hàng năm,tiền cước phí qua kênh panama đã mang về khoản lợi nhuận không nhỏ cho nhà nước Panama vì vậy hiện nay họ đang tiến hành sửa chữa để có thể cho tàu có trọng tải lớn có thể qua kênh .Không chỉ vậy nó còn đóng vai trò to lớn về mặt chính trị vì nối liền châu Mĩ với các châu lục khác
Kể từ khi đưa vào hoạt động ngày 14/8/1914, Kênh đào Panama đã đóng vai trò quan trọng trong hàng hải quốc tế. Việc sử dụng tuyến đường biển đi qua Kênh đào đã tiết kiệm rất nhiều thời gian và chi phí vận chuyển hàng hoá từ Châu Âu tới các bang miền Tây nước Mỹ và từ Đông Á tới các bang miền Đông nước Mỹ, do tránh được việc phải đi vòng qua đi cực nam Châu Mỹ. Kênh đào Panama còn được nhiều nước trong khu vực sử dụng để kết nối chuyên chở hàng hoá xuất nhập khẩu với các thị trường Mỹ, Châu Âu và Châu Á.
