1. Thiên tài quân sự yểu mệnh.
Cuối năm 1792, Quang Trung từ trần ở tuổi 39. Về cái chết của vua đã được đời sau đặt rất nhiều giả thiết. Có người cho rằng do bị ngấm thuốc độc từ chiếc áo long bào của vua nhà Thanh khi đó là Càn Long tặng. Nhưng cũng có người cho rằng ông chết vì lao lực, làm việc quá sức. Tuy nhiên, cho dù bất cứ lí do nào, cái chết quá sớm của vua Quang Trung là một mất mát to lớn. Triều Tây Sơn suy yếu từ đó.
Cơ nghiệp của Quang Trung không có người thừa kế xứng đáng. Con của ông là Quang Toản còn quá nhỏ, không có đủ sự uy tín và cứng cỏi. Nguyễn Nhạc thì quá an phận, Nguyễn Lữ thì tài năng chưa đủ. Nội bộ tướng lĩnh lại mâu thuẫn lẫn nhau. Từ một đội quân bách chiến bách thắng, mất đi người đứng đầu tài ba, nhà Tây Sơn bị lực lượng tàn dư của Nguyễn Ánh đánh bại dần dần.
2. Nội bộ mâu thuẫn gay gắt.
Việc mâu thuẫn trong nội bộ nhà Tây Sơn không chỉ xuất hiện sau khi Quang Trung mất, mà trước đó, việc bằng mặt không bằng lòng đã có.
Sau khi tiến quân ra Bắc lật đổ chúa Trịnh năm 1786, giữa Nguyễn Huệ và Nguyễn Nhạc đã bắt đầu nảy sinh mâu thuẫn. Do chủ trương cuộc chiến và phân chia cai quản của 2 anh em khác nhau, đồng thời Nguyễn Nhạc không yên tâm với sự phát triển thế lực riêng của Nguyễn Huệ. Nên khoảng đầu năm 1787, Nguyễn Huệ chủ động mang 60.000 quân nam tiến vây thành Quy Nhơn của Nguyễn Nhạc. Sau biến cố đó, hai anh em cũng đã giảng hòa nhưng rạn nứt đã không thể cứu chữa. Có thể nói chính Quang Trung là người tạo tiền lệ xấu cho hàng loạt mâu thuẫn nội bộ sau này.
Năm 1792, khi Quang Trung mất, Quang Toản lên ngôi lúc còn nhỏ nên quyền hành rơi vào tay Thái sư Bùi Đắc Tuyên. Ở ngôi cao, Đắc Tuyên thường hay chuyên quyền độc đoán, cho nên trong hàng ngũ tướng sĩ Tây Sơn, có nhiều người bất bình. Do đó tướng Võ Văn Dũng nổi dậy lập mưu giết Bùi Đắc Tuyên năm 1795. Rồi lại đến lượt võ tướng Trần Quang Diệu do bị nghi oan nên cùng với Lê Trung quyết định phế Quang Toản nhưng việc không thành.
Ngoài ra, khi Nguyễn Ánh đem quân đánh thành Quy Nhơn của Nguyễn Nhạc năm 1793, vua Thái Đức cầu cứu Phú Xuân. Quang Toản liền sai các tướng đem quân vào ứng cứu khiến Nguyễn Án phải rút lui. Quân Phú Xuân nhân đó lại đánh chiếm luôn đất đai của vua Thái Đức khiến ông đang trên giường bệnh tức quá thổ huyết mà chết.
Mâu thuẫn phát sinh kéo dài không chỉ giữa anh em, chú bác ruột mà còn sang cả nội bộ tướng lĩnh thì triều Tây Sơn suy sụp cũng là một điều tất yếu.
3. Bản lĩnh của Nguyễn Ánh.
Nhà Tây Sơn dần yếu đi, thế nhưng tàn quân của vua Lê chúa Trịnh không tranh thủ được cơ hội, mà chính Nguyễn Ánh lại là người đặt dấu chấm hết cho triều đại này. Phải khâm phục lòng kiên trì của Nguyễn Ánh kèm thêm cả sự may mắn của ông.
Rõ ràng Nguyễn Ánh đã gặp may khi nhiều lần thoát nạn trước sự truy đuổi của Tây Sơn. Khi Quang Trung ổn định xong Bắc Hà, lên kế hoặc quyết tâm tiêu diệt Nguyễn Ánh, nhưng chưa kịp thì Quang Trung đã lâm bạo bệnh mà mất. Nhưng phải thừa nhận ông cũng là một người có lòng dũng cảm và ý chí bền bỉ không sờn, dù bị thua hết lần này đến lần khác, gặp rất nhiều hiểm nguy. Có thể nói tài năng quân sự của ông không bằng Nguyễn Huệ nhưng sau khi Nguyễn Huệ chết, không còn ai là đối thủ của ông.
Sau khi được anh trai là Nguyễn Nhạc trao lại binh quyền, vua Quang Trung đang định chuẩn bị đem quân vào Nam đánh Gia Định thì đột ngột qua đời (1792). Con là Nguyễn Quang Toản còn nhỏ tuổi lên nối ngôi, tức là vua Cảnh Thịnh. Không có người lãnh đạo đủ năng lực, nhà Tây Sơn nhanh chóng suy yếu. Nội bộ xảy ra tranh chấp, quyền hành rơi vào tay ngoại thích Bùi Đắc Tuyên.
Năm 1793, Nguyễn Ánh đem quân đánh Nguyễn Nhạc. Nguyễn Nhạc cầu cứu ra triều đình Phú Xuân. Quang Toản sai Ngô Văn Sở, Phạm Công Hưng đem 17.000 quân và 80 thớt voi vào cứu, quân Nguyễn Ánh rút lui. Quân Phú Xuân nhân đó lại chiếm luôn đất đai của Nguyễn Nhạc. Lúc đó Nguyễn Nhạc đang bệnh trên giường, nghe tin đất phong của con mình là Nguyễn Văn Bảo bị chiếm mất thì uất quá thổ huyết mà qua đời. Quang Toản an tríNguyễn Văn Bảo ra huyện Phù Ly, phế làm Hiếu Công và cai quản toàn bộ đất đai của dòng trưởng.
Tuy nhiên nội bộ Tây Sơn lại mâu thuẫn, các tướng tranh quyền. Vũ Văn Dũng giết Bùi Đắc Tuyên và Ngô Văn Sở (1795), Quang Toản nhỏ tuổi nên không làm gì được. Trần Quang Diệu đang đi đánh Nguyễn Ánh, nghe tin bị nghi oan đành rút quân về. Nguyễn Văn Bảocùng các tướng cũ nổi dậy chiếm Quy Nhơn nhưng bị dập tắt và giết chết. Lê Trung bị nghi ngờ sau đó bị giết, Nguyễn Văn Huấn cũng bị giết.
