Đặc điểm dễ nhận biết nhất để phân biệt hai nghành này là:
Cơ thể của các dộng vật thuộc ngành giun tròn thì có hình trụ thuôn hai đầu.
Cơ thể của các động vật thuộc ngành giun dẹp thì có cơ thể dẹp, phân biệt được đầu,đuôi, lưng, bụng.