Lý do có thể gây ngộ độc là:
- Ngộ độc thực phẩm do kí sinh trùng: Do vi khuẩn và độc tố của vi khuẩn; do virus; do kí sinh trùng; do nấm mốc và nấm men.
- Ngộ độc thực phẩm do thức ăn bị biến chất, ôi thiu: Một số loại thực phẩm khi để lâu hoặc bị ôi thiu thường phát sinh ra các loại chất độc.
- Ngộ độc do ăn phải thực phẩm có sẵn chất độc: Ví dụ như cá nóc, cóc, mật cá trắm, nấm độc, khoai tây mọc mầm, …
-Ngộ độc thực phẩm do nhiễm các chất hóa học: Do ô nhiễm kim loại nặng, do dư lượng thuốc bảo vệ thực vật, thuốc thú y, do phụ gia thực phẩm, do các chất phóng xạ.