Trên đường trở về Nam, Nguyễn Huệ cho Nguyễn Hữu Chỉnh ở lại Nghệ An giúp trấn thủ Nguyễn Văn Duệ. Sau khi Tây Sơn rút, tình hình Bắc Hà lại rối loạn. Lê Chiêu Thống không dẹp nổi những cuộc nổi loạn của con cháu họ Trịnh, phải mời Nguyễn Hữu Chỉnh ra giúp.
Nguyễn Hữu Chỉnh giúp vua Lê đánh tan các tàn dư họ Trịnh. Nhưng Chỉnh lại lộng quyền, muốn xây dựng lực lượng riêng và ra mặt chống Tây Sơn.
Mưu đồ này được bộc lộ trong một câu thơ của Chỉnh :
Đường trời mở rộng thênh thênh,
Ta đây cũng một triều đình kém ai.
Nguyễn Huệ liền sai Vũ Văn Nhậm tiến quân ra Bắc trị tội Chỉnh. Diệt được Chỉnh, đến lượt Nhậm lại kiêu căng, có mưu đồ riêng. Giữa năm 1788, Nguyễn Huệ tiến quân ra Thăng Long diệt Nhậm. Bấy giờ, bè lũ Lê Chiêu Thông đã trốn sang Kinh Bắc. Nguyễn Huệ được các sĩ phu nổi tiếng như Ngô Thì Nhậm, Phan Huy ích, Nguyễn Thiếp... hết lòng giúp sức trong việc xây dựng chính quyền ở Bắc Hà.
Từ cuối năm 1786 đến giữa năm 1788, Tây Sơn đã ba lần tiến quân ra Bắc. Các tập đoàn phong kiến Lê - Trịnh lần lượt bị Tây Sơn lật đổ. Như vậy, Tây Sơn đã tiêu diệt quân Nguyễn ở Đàng Trong và lật đổ chính quyền Lê - Trịnh ở Đàng Ngoài.
