Trùng đế giày khác với trùng biến hình là:
trùng giày có cấu tạo phức tạp, trùng biến hình có cấu tạo đơn giản
trùng giày còn có cách sản hữu tính: tiếp hợp
trùng giày thải bã qua lỗ thoát, trùng biến hình thải bã ở vị trí bất kì trên cơ thể
trùng biến hình thuộc lớp Chân giả, trùng giày thuộc lớp Chân cỏ.