Vai trò của động vật nguyên sinh là:

- Làm thức ăn cho động vật nhỏ, đặc biệt là giáp xác nhỏ sống trong nước.

- Chỉ thị về độ sạch của môi trường nước.

- Làm sạch môi trường nước.

- Là vật chỉ thị cho các tầng đất có dầu lửa.

- Có ý nghĩa về mặt địa chất.

- Gây bệnh cho người và động vật.

Nguồn năng lượng cung cấp cho cơ lấy từ sự oxi hoá các chất dinh dưỡng trong cơ.