Trùng roi được chọn vì các lí do sau :
- Chúng là con cháu của nhóm động vật nguyên sinh xuất hiện đầu tiên trên Trái Đất.
- Chúng đồng thời có 2 hình thức dinh dưỡng : tự dưỡng nhờ các hạt diệp lục như thực vật và dị dưỡng nhờ đồng hoá các chất hữu cơ do các sinh vật khác phân huỷ ra.
- Chúng ở ranh giới của giới Thực vật và giới Động vật, là bằng chứng về sự thống nhất của sinh giới.