Ngành nuôi trồng thủy sản là một trong những ngành kinh tế tiềm năng của Việt Nam, tuy nhiên việc mở rộng quá nhanh chóng, thiếu kiểm soát đã dẫn đến nhiều tác động tiêu cực đến môi trường như sạt lở bờ biển, ô nhiễm nước, tảo đỏ, xâm hại sinh vật biển, mất mát đa dạng sinh học, gây tổn thương và mất cân bằng hệ sinh thái, v.v...
Vì vậy, để bảo vệ môi trường, ngành nuôi trồng thủy sản cần phải thực hiện nhiều biện pháp như áp dụng các kỹ thuật nuôi trồng thủy sản bền vững, kiểm soát mật độ khai thác, thải nước thải, thải khí trộm phát ra từ ao nuôi, đảm bảo vệ sinh thực phẩm,… Đồng thời, việc nhân rộng các mô hình nuôi trồng sạch, áp dụng công nghệ hiện đại và thân thiện môi trường, tăng cường giám sát, kiểm soát trong việc phòng ngừa dịch bệnh.
Tất cả những điều này sẽ giúp giảm thiểu tác động của ngành nuôi trồng thủy sản đến môi trường và góp phần bảo vệ, duy trì nguồn tài nguyên cá hải sản trong tương lai.