Cơ sở khoa học của việc ứng dụng vi sinh vật trong thực tiễn:
- Khả năng phân hủy các chất hữu cơ
- Khả năng tổng hợp các chất hữu cơ, tiết kháng sinh giúp tiêu diệt vi sinh vật khác hoặc các loại côn trùng.
- Là vector chuyển gene hoặc là kháng nguyên
- Các yếu tố ảnh hưởng đến các hoạt động của vi sinh vật