Một số cây trồng chuyển gene mang nhiều đặc tính tốt về năng suất và phẩm chất nhưng việc trồng và tiêu thụ các sản phẩm của cây trồng chuyển gene vẫn gây những tranh luận trái chiều ở nhiều nơi trên thế giới vì cây trồng chuyển gene có thể đem đến những rủi ro tiềm ẩn:
- Những biểu hiện không thể dự đoán được của gene được biến đổi hoặc tính chất không ổn định của gene được biến đổi có thể gây hại cho sức khỏe của con người hoặc gây thiệt hại về kinh tế của người trồng.
- Gene kháng hoặc gene chống chịu có thể chuyển sang những sinh vật không chủ đích khác gây ra nhiều nguy hại như: sự phát triển cỏ dại hay siêu cỏ; sự phát triển của các loại sâu bệnh, vi khuẩn kháng thuốc;…
- Việc sử dụng các hóa chất bảo vệ thực vật tăng lên: Tại Châu Mỹ - La Tinh, nơi đậu nành biến đổi gen được trồng trên diện rộng, việc sử dụng thuốc diệt cỏ đã tăng vọt, đạt mức trên 550 lít/năm, gây ra hậu quả đáng lo ngại cho sức khỏe của những người dân nơi đây.
