Điểm khác biệt lớn nhất thể hiện ở ngay tên của phong trào và cuộc khởi nghĩa, đó là mục tiêu đấu tranh. Phong trào Cần Vương có mục tiêu đấu tranh là đánh Pháp giành độc lập dân tộc, khôi phục lại chế độ phong kiến. Trong khi đó, khởi nghĩa nông dân Yên Thế có mục tiêu đấu tranh là đánh Pháp để tự vệ, giành quyền lợi thiết thân, giữ đất, giữ làng.
⇒ Mục tiêu đấu tranh cũng quy định tính chất:
- Phong trào Cần Vương mang tính chất là phong trào theo khunh hướng phong kiến mang tính dân tộc sâu sắc.
- Khởi nghĩa nông dân Yên Thế mang tính tự vệ.