Chiến tranh tàn khốc kéo dài 60 năm, kinh tế bị ảnh hưởng tiêu cực. Tình hình nông nghiệp khá ảm đạm. Ruộng đất công xã ngày càng thu hẹp lại, các triều đình bị chiến tranh chi phối không quản lý tốt được đất đai, do đó một phần không nhỏ đất chuyển sang sở hữu tư nhân. Sự biến đổi trong quan hệ ruộng đất ở nông thôn phần nào tạo điều kiện cho nông nghiệp phát triển tự do hơn. Điều đó tạo ra tác động tích cực đối với nền kinh tế hàng hóa theo chiều hướng mở rộng.
Cũng vì chiến tranh, nhà Mạc áp dụng chế độ lộc điền khác với thời Hậu Lê. Các vua Mạc ít dành lộc điền cho quan lại mà đối tượng được hưởng chủ yếu là binh lính để khuyến khích họ chiến đấu cho triều đình. Lộc điền chủ yếu lấy từ nguồn ruộng công ở các làng xã và ruộng chùa, diện tích khoảng vài chục vạn mẫu.
Phía nam, nền sản xuất nông nghiệp của Nam triều còn phải đối phó với nhiều thiên tai liên miên. Chính quyền Lê-Trịnh mới tạm dùng những biện pháp tình thế để khuyến khích khôi phục nghề nông nhằm phục vụ chiến tranh chứ chưa có điều kiện hoạch định những chính sách lớn có tác dụng thúc đẩy phát triển nông nghiệp lâu dài và bền vững
