Một tờ đơn khác lưu giữ tại nhà thờ họ Phạm Quang cũng ở huyện đảo Lý Sơn đề ngày 11 tháng 2 năm thứ 3 niên hiệu Gia Long (1804) xin tách ra khỏi địa phận xã An Hải trong đất liền, trong đó ghi rõ, liền ngay sau khi Nguyễn Ánh đánh lấy được vùng đất Quảng Ngãi, người dân ở Cù lao Ré đã làm đơn lập lại đội Hoàng Sa như trước. Một tài liệu khác là tờ lệnh được gia tộc họ Đặng ở Lý Sơn cất giữ suốt 176 năm trước khi trao tặng cho chính quyền, cho biết khá cụ thể về hoạt động vãng thám Hoàng Sa: “Chiếu theo tháng trước tiếp được công văn của Bộ Binh, vâng sắc (Triều đình) cho bộ ấy trước là phải thi hành việc tuyển chọn, trưng tập 3 thuyền, sửa sang bền chắc, đợi sẵn ở kinh. Các phái viên và lính thủy đi trước để cùng thám sát các vùng của xứ Hoàng Sa…”. Đấy là nguồn tài liệu trong dân, còn những thông tin về sự chiếm hữu và khai thác đối với Hoàng Sa và Trường Sa thì có rất nhiều trong những tài liệu chính thống của Triều đình. Trong số châu bản từ năm 1830-1847 hiện còn 11 văn bản, gồm 7 bản tấu, 2 phúc tấu và 2 dụ của vua Minh Mạng liên quan đến Hoàng Sa. Trong số phúc tấu và tấu đó có 2 bản của Thủ ngữ Đà Nẵng tâu báo với vua Minh Mệnh về việc tàu buôn Pháp từ cảng này đi Lữ Tống bị va phải đá ngầm ở phía Tây đảo Hoàng Sa, cảng đã phái thuyền đi cứu hộ; còn phúc tấu đề ngày 12/2 năm Minh Mạng thứ 17 (1836) của Bộ Công về việc cử đội thuyền đi Hoàng Sa được nhà vua châu phê: “Mỗi thuyền vãng thám Hoàng Sa phải đem theo 10 tấm bài gỗ (cột mốc) dài 4,5 thước, rộng 5 tấc, khắc sâu hàng chữ “Năm Bính Thân (Minh Mệnh 17), họ tên cai đội thuỷ quân phụng mệnh đi đo đạc cắm mốc ở Hoàng Sa để lưu dấu”.
Sau châu bản là bộ Khâm định Đại Nam hội điển sự lệ do Nội các Triều Nguyễn biên soạn kéo dài 13 năm, từ 1843 đến khi hoàn thành và có chiếu chỉ khắc in vào năm 1855 theo thể loại Hội điển. Quyển 207 về quy chế đàn miếu viết rõ hơn công việc xây dựng trên đảo: Vào năm Minh Mệnh thứ 16 [1835] vua “chuẩn y lời tâu cho tỉnh Quảng Ngãi dựng miếu Hoàng Sa một gian (làm kiểu nhà đá) ở phía tây nam cồn cát trắng. Bên tả dựng bia đá (cao 1 thước 5 tấc, mặt 1 thước 2 tấc), phía trước xây bức bình chắn, phía tả phía hữu và phía sau trồng các loại cây”. Quyển 221 thì cho biết rất cụ thể sự chỉ đạo của Triều đình đối với việc đo đạc lập đồ bản về Hoàng Sa một cách khoa học hơn: “Năm thứ 17, vua chuẩn y lời tâu rằng: “Hoàng Sa thuộc khu vực ngoài biển rất là hiểm yếu” nên “vẫn phái biền binh, thuỷ quân và giám thành cưõi một chiếc thuyền sơn đen lái đến đích chỗ Hoàng Sa. Không cứ đảo nào, cửa bể nào thuyền chạy đến, sẽ đem nơi ấy chiều dài chiều ngang bề cao bề rộng chu vi đều bao nhiêu, và bốn bề nước bể nông hay sâu? có cát ngầm, đá mỏm hay không, ở hình thế hiểm trở hay bình thường xem đo tỏ tường vẽ thành đồ bản”.
