Giữa cây Hạt trần và cây Hạt kín có những điểm phân biệt là:
+ Cơ quan sinh dưỡng:
- Cây hạt trần: Rễ cọc, thân gỗ, lá kim.
- Cây hạt kín rất đa dạng: Rễ cọc, rễ chùm; thân gỗ, thân cỏ...; lá đơn, lá kép...
+ Cơ quan sinh sản:
- Cây hạt trần: Chưa có hoa và quả, cơ quan sinh sản là nón, hạt nằm trên lá noãn hở
- Cây hạt kín: Có hoa , cơ quan sinh sản là hạt, hạt nằm trong quả
Ngành hạt trần:có nón
Ngành hạt kín:có hoa quả