- Do so sánh lực lượng quá chênh lệch, trong lúc thực dân Pháp đông quân, vũ khí hiện đại thì nghĩa quân Yên Thế có lúc chỉ trên dưới 100 người, vũ khí thô sơ, thương vong nhiều trong quá trình chiến đấu,
- Thiếu vai trò lãnh đạo của giai cấp tiên tiến…
- Phong trào đấu tranh mang tính chất tự vệ, tự phát.