Một số biện pháp phổ biến trong xử lí chăn nuôi:
Khí sinh học (biogas) và hồ sinh học: Chất thải chăn nuôi (phân, nước tiểu, nước rửa chuồng, nước tắm vật nuôi,...) được đưa về hầm, túi hoặc hồ lên men để thực hiện quá trình lên men kị khí. Quá trình lên men kị khí sẽ phân giải các chất hữu cơ thành khí sinh học, đồng thời tiêu diệt các vi sinh vật gây bệnh cho con người và vật nuôi. Khí sinh học tạo ra sẽ được sử dụng cho nhiều mục đích khác nhau như làm chất đốt, chạy máy phát điện,... Chất thải sau hầm biogas có thể được sử dụng làm phân bón. Nước thải sau biogas có thể sử dụng để tưới cho cây trồng hoặc đưa về hồ sinh học tiếp tục xử lí và tái sử dụng trong trang trại chăn nuôi. Phương pháp này phù hợp với hệ thống chăn nuôi có sử dụng nước để dội chuồng, tắm, làm mát cho gia súc.
Ủ phân compost: Ủ phân compost là quá trình quá trình chuyển đổi các chất thải hữu cơ trong chăn nuôi (phân vật nuôi, chất độn chuồng,...) thành phân bón hữu cơ giàu dinh dưỡng sử dụng trong trồng trọt. Thông qua quá trình ủ, các chất hữu cơ trong chất thải chăn nuôi được phân huỷ nhờ hoạt động lên men của vi sinh vật. Bên cạnh đó, nhiệt độ đống ủ có thể đạt đến 70oC nên hầu hết các mầm bệnh sẽ bị tiêu diệt. Phương pháp ủ được sử dụng chủ yếu đối với chất độn chuồng và phân của động vật.
Xử lí nhiệt: Phương pháp xử li nhiệt (đốt) sử dụng nhiệt độ cao trong các lò đốt để làm giảm kích thước chất thải cho khâu xử lí tiếp theo. Đốt chất thải rắn có độ an toàn dịch bệnh cao, đảm bảo diệt được cả bào tử của vi khuẩn. Phương pháp này khá đơn giản, dễ áp dụng. Năng lượng phát sinh trong quá trình đốt có thể tận dụng cho các lò hơi, lò sưởi hoặc các ngành công nghiệp cần nhiệt.
Lọc khí thải: Không khí trong chuồng nuôi thường chứa bụi, ammonia và các hợp chất gây mùi. Khi vật nuôi được nuôi trong hệ thống chuồng kín, không khí trong chuồng được lọc bụi, mùi và ammonia trước khi xả thải ra ngoài. Việc giảm thiểu các khí gây mùi trong không khí có thể thực hiện bằng các kĩ thuật tách khí như hấp thụ khí gây mùi bằng các chất hấp thụ thể lỏng, thể rắn và hoá lỏng khí. Tuy vậy, các giải pháp này thường có chi phí cao.
Liên hệ với thực tiễn xử lí chất thải chăn nuôi ở gia đình, địa phương em: Địa phương em thường xuyên áp dụng khí sinh học (biogas) và ủ phân compost để xử lí chất thải chăn nuôi.