Ngày xưa có hai vợ chồng nghèo, ăn ở hiền lành, đã ngoài năm mươi nhưng vẫn chưa có con. Một hôm người vợ ra đồng khát nước, thấy cái sọ dừa đầy nước, bà bèn uống nước, sau đó mang thai và sinh ra đứa trẻ không chân, không tay, tròn như quả dừa. Bà nuôi nấng, tới khi lớn lên, Sọ Dừa nhờ mẹ xin phú ông cho đi chăn bò. Sọ Dừa chăn bò rất giỏi. Một hôm, cô con gái út nhà phú ông mang cơm thì thấy Sọ Dừa là một chàng trai khôi ngô nên đem lòng yêu thương, có của ngon đều giấu cho chàng. Cuối mùa, Sọ Dừa giục mẹ sang đến hỏi con gái phú ông làm vợ, chỉ có cô con gái út đồng ý làm vợ Sọ Dừa. Ngày cưới, Sọ Dừa bước ra là một chàng trai tuấn tú. Trước khi Sọ Dừa lên kinh thi dặn dò vợ luôn mang theo mình quả trứng gà, con dao, hòn đá lửa. Sau đó, vợ Sọ Dừa bị hai chị hãm hại, nàng bị cá kình nuốt cô vào bụng. Cô lấy dao, rạch bụng cá, thoát chết, trôi dạt vào một hòn đảo. Đến khi Sọ Dừa đỗ quan trạng trở về, Sọ Dừa đón vợ trên đảo trở về và mở tiệc mừng. Hai cô chị sau bữa tiệc nhìn thấy em út xấu hổ bỏ đi biệt xứ.
Hai vợ chồng có một mụn con nhưng là một cục thịt có mắt mũi, không có tay chân. Đặt tên là Sọ Dừa. Sọ Dừa xin đi chăn bò cho nhà phú ông để lấy tiền nuôi cha mẹ. Phú ông đồng ý vì thấy Sọ Dừa nuôi bò giỏi. Phú ông lại sai ở trên núi để chăn, cơm nước đã có ba cô con gái đem lên cho. Hai cô chị hắt hủi, còn cô em Út thùy mị phát hiện Sọ Dừa không phải là người thường nên đem lòng yêu thương và săn sóc. Cuối mùa đi ở, Sọ Dừa bảo mẹ đến hỏi con gái phú ông. Sọ Dừa đã đáp ứng vật thách cưới, phú ông hỏi ý ba cô. Cô Út ưng chịu. Sau khi cưới Sọ Dừa hiện thành chàng trai tuấn tú, học hành thông minh và đậu Trạng nguyên. Khi từ giã vợ đi sứ, quan trạng đưa cho vợ hòn đá lửa, con dao và hai quả trứng gà dặn phải dắt trong người. Hai cô chị lập mưu đẩy em xuống biển, em bị cá kình nuốt. Nhờ con dao mà cô giết được cá rồi dạt vào đảo hoang. Cô Út đã dùng đá lửa để nướng cá ăn qua ngày. Hai trứng nở ra hai còn gà. Khi quan trạng trên đường đi sứ trở về, nghe tiếng gà gáy trên đảo hoang, quan trạng ghé vào đảo rước vợ về nhà mở tiệc ăn mừng. Tiệc tan quan dẫn vợ ra, hai người chị xấu hổ trốn đi mất biệt.