Dựa theo nguồn gốc hình thành, có thể chia các hồ tự nhiên thành 2 nhóm chính:
- Hồ có nguồn gốc nội sinh:
+ Hồ kiến tạo: hình thành do các đứt gãy lớn (VD: Hồ Bai-can).
+ Hồ núi lửa: hình thành trên miện núi lửa đã tắt (VD: hồ Crây-tơ,…).
- Hồ có nguồn gốc ngoại sinh:
+ Hồ do băng hà tạo ra
+ Hồ bồi tụ do sông (VD: hồ Hoàn Kiếm).
- Ngoài ra còn có hồ nhân tạo (hồ Hoà Bình)