- Độ pH ảnh hưởng tới tính thấm qua màng, hoạt động chuyển hóa vật chất trong tế bào, hoạt tính enzim, sự hình thành ATP…
-Vi sinh vật ưa trung tính: sinh trưởng tốt ở pH 6-8, ngừng sinh trưởng ở pH dưới 4 và trên 9 vì các ion H+ và OH- kìm hãm hoạt động của các enzim trong tế bào, đa số vi khuẩn và động vật nguyên sinh.
- Vi sinh vật ưa axit: pH 4-6, các ion H+ làm bền màng sinh chất của chúng nhưng không tích lũy bên trong tế bào, do đó pH nội bào vẫn duy trì gần trung tính. Số ít vi khuẩn và đa số nấm ưa axit, 1 số vi khuẩn ở đất mỏ (pH 2-3), suối nóng axit (pH 1-3).
- Vi sinh vật ưa kiềm sinh trưởng ở pH lớn hơn 9, đôi khi 11, có ở các hồ và đất kiềm, chúng duy trì pH nội bào gần trung tính nhờ khả năng tích lũy các ion H+ từ bên ngoài.
