Khi thức ăn được đưa tới dạ dày, protein mới bắt đầu được tiêu hóa. Trong dạ dày, nhờ HCl có nồng độ cao làm biến tính protein trong thức ăn, các liên kết peptide trong các phân tử protein được phơi ra làm tăng khả năng tiếp cận của các enzyme phân cắt protein có trong dịch vị, trong đó pepsin đóng vai trò chủ yếu.
_ Sản phẩm từ việc phân cắt protein ở dạ dày là các đoạn polypepdide nhỏ và vẫn còn các đoạn polypeptide lớn hơn được tiếp tục tiêu hóa ở xoang ruột non. Ở đây, tuyến tụy sẽ tiết ra trypsin và chymotrypsin để phân cắt các đoạn polypeptide lớn thành các đoạn ngắn hơn, các đoạn ngắn này tiếp tục bị phân cắt thành các amino acid nhờ carboxydase tuyến tụy.
_ Sản phẩm từ việc phân cắt protein ở xoang ruột non là các amino acid và vẫn còn các đoạn polypeptide ngắn. Toàn bộ sản phẩm được đưa vào biểu mô của ruột non, ở đây, các enzyme dipeptidase, carboxypeptidase và aminopeptidase sẽ hoàn thành bước cuối cùng trong việc phân cắt. Sản phẩm cuối cùng lúc này toàn bộ là các amino acid sẽ được hấp thụ.
