Loài ngoại lai thường tác động tiêu cực đến các loài bản địa do:
- Khi du nhập vào môi trường mới, loài ngoại lai thường không còn chịu kiểm soát của các loài sinh vật tiêu thụ, loài cạnh tranh hay tác nhân gây bệnh dẫn đến chúng gia tăng số lượng nhanh chóng, thậm chí có thể phát triển thành loài ưu thế, làm thay đổi cấu trúc của quần xã.
- Loài ngoại lai có thể gia tăng nhanh về số lượng nếu gặp điều kiện thuận lợi dẫn đến khai thác quá mức con mồi; cạnh tranh với các loài bản địa về thức ăn, nơi ở,...
- Ngoài ra, hoạt động sống của chúng có thể làm thay đổi sâu sắc các nhân tố sinh thái vô sinh, khiến môi trường sống thích nghi của các loài bản địa bị biến đổi.