Tham khảo:
Đường thủy, Khánh Hòa có nhiều vùng vịnh kín gió, nước sâu lại nằm ở cực đông của Việt Nam gần với tuyến hàng hải quốc tế nên rất thuận lợi cho xây dựng cảng biển. Hiện tại trên địa bàn tỉnh có 5 cảng biển: Cam Ranh, Nha Trang, Hòn Khói, Cảng trung chuyển quốc tế Vân Phong, Đá Tây (Trường Sa). Cảng Nha Trang có 4 cầu bến, cầu dài nhất là 215m; có thể tiếp nhận tàu hàng tổng hợp có trọng tải đến 20.000DWT và tàu khách có dung tích đến 60.780GT. Cảng có độ sâu vùng nước neo đậu từ - 8,5 đến -11,8m; tổng diện tích kho bãi của cảng 80.000m2. Cảng khá đa dạng các dịch vụ như: Lai dắt, hỗ trợ tàu ra vào các cảng trong khu vực; kinh doanh kho bãi; vận chuyển hàng hóa bằng đường thủy bộ; cung ứng các dịch vụ phục vụ chủ tàu và khách hàng qua cảng; đón tàu khách, hành khách trong nước và quốc tế; cung ứng điện nước, sửa chữa cơ khí… cho tàu thuyền đến cảng. Từ năm 2016, tỉnh Khánh Hòa xây dựng đề án phát triển hướng đến cảng đầu mối du lịch quốc tế hiện đại, kết thúc hoàn toàn việc vận chuyển hàng hóa qua Cảng Nha Trang. Cảng Quốc tế Cam Ranh là một trong những cảng nước sâu hàng đầu của Việt Nam ở gần tuyến hàng hải quốc tế, cung cấp dịch vụ hàng hải và cung ứng, sửa chữa tàu biển lớn, hiện đại. Trong tương lai Cảng Quốc tế Cam Ranh sẽ là một trong các cảng lớn nhất của Việt Nam tính theo chiều dài bến cập tàu, với tải trọng tàu tối đa đến 110.000DWT, có thể tiếp nhận 18 tàu cùng lúc và 185 tàu mỗi năm, là cảng đầu tiên tại Việt Nam thiết kế cho phép neo đậu tàu trong điều kiện gió bão đến cấp 8. Cảng Hòn Khói nằm trên bán đảo Hòn Khói, phía Nam vịnh Vân Phong, cách Quốc lộ 1 khoảng 12m, là cảng chuyên dùng xuất muối kết hợp với cảng hàng hóa, công suất khoảng 10 vạn tấn/năm. Cảng tổng hợp Bắc Vân Phong (thuộc Dự án Cảng trung chuyển Container quốc tế Vân Phong) tại khu vực Đầm Môn, hiện đang được đầu tư xây dựng. Cảng có diện tích 42,21ha, giai đoạn mở đầu sẽ xây dựng 1 cầu cảng có thể tiếp nhận tàu 50.000 tấn, năng lực thông quan 1,5 - 2 triệu tấn hàng hóa mỗi năm.
