Vi khuẩn có thể chia thành 3 dạng chính:
1. Hình cầu (coccus): Đây là dạng vi khuẩn có hình dạng cầu, có thể tồn tại đơn lẻ (coccus đơn) hoặc tạo thành các nhóm hoặc chuỗi.
2. Hình cầu kép (diplococcus): Đây là dạng vi khuẩn có hình dạng cầu nhưng tồn tại dưới dạng cặp đôi, liên kết với nhau bởi các liên kết siêu tinh thể.
3. Hình que (bacillus): Đây là dạng vi khuẩn có hình dạng dài như que, có thể có hoặc không có nhánh. Vi khuẩn hình que thường di động bằng cách sử dụng flagellum.