Một số thành tựu trong chọn, tạo giống có ứng dụng di truyền liên kết:
- Từ phép lai giữa lúa mì và lúa mạch đen thu được dòng con lai có sự chuyển đoạn nhiễm sắc thể mang những đặc tính tốt như kháng bệnh gỉ sắt, kháng bệnh phấn trắng và có năng suất cao.
- Ở ngô, gene oy1 mã hóa enzyme tham gia tổng hợp diệp lục và gene orp2 mã hoá enzyme tham gia chuyển hóa tryptophan đều nằm trên cánh ngắn của nhiễm sắc thể số 10, sự liên kết của hai gene này được ứng dụng trong việc chọn lọc các giống ngô có khả năng quang hợp và chuyển hóa tryptophan cao, tích luỹ nhiều chất dinh dưỡng nhằm tăng năng suất cây trồng.
- Sử dụng chỉ thị DNA liên kết với gene kháng bệnh đạo ôn để phát hiện những cây kháng bệnh đạo ôn ở giai đoạn cây non.