- Nước thải phải được thu gom và xử lí đạt tiêu chuẩn theo quy định trước khi xả ra môi trường.
- Chất thải rắn được thu gom, lưu giữ, vận chuyển đến nơi quy định bằng phương tiện, thiết bị chuyên dụng.
- Chất thải nguy hại cần được phân loại, thu gom, lưu giữ và xử lí theo quy định về quản lí chất thải nguy hại.
- Thuỷ sản bị chết, bị nhiễm bệnh, nghi nhiễm bệnh trong Danh mục bệnh thuỷ sản phải công bố dịch phải được xử lí đúng cách tránh gây lây lan dịch bệnh.
- Cơ sở nuôi phải thực hiện đầy đủ các quy định về vệ sinh nhằm ngăn ngừa ô nhiễm môi trường và phát sinh mầm bệnh trong khu vực nuôi, phải thực hiện tẩy trùng, cải tạo ao sau mỗi vụ nuôi trồng, đảm bảo thời gian ngừng hoặc nghỉ giữa hai vụ nuôi ít nhất là 30 ngày tuỳ theo từng nhóm loài thuỷ sản, hình thức nuôi trồng và địa điểm nuôi trồng