Phân vi sinh có thời gian sử dụng ngắn vì chịu ảnh hưởng của nhiều yếu tố:
- Ảnh hưởng của những yếu tố lý học
- Ảnh hưởng của nhiệt độ
- Ảnh hưởng của độ ẩm
- Ảnh hưởng của ánh sáng
- Ảnh hưởng tia tử ngoại
- Ảnh hưởng phóng xạ, Roghen
- Ảnh hưởng của chất hoà tan (áp suất)
- Ảnh hưởng của các yếu tố hoá học
- Ảnh hưởng của chất độc, các chất diệt khuẩn
- Ảnh hưởng của nồng độ ion hydro (pH)