Sự khác nhau trong tư tưởng, cách làm cách mạng của 2 ông chủ yếu là do các nguyên nhân sau;
+Do tác động của yếu tố gia đình: Trong khi Phan Bội Châu sinh ra trong 1 nhà nho yêu nước chịu nhiều ảnh hưởng bởi tư tưởng trung quân ái quốc nên trong quá trình ông đã tận dụng lá cờ quân chủ; còn Phan Châu Trinh có bố từng bị du đảng cần vương giết hại, bản thân ông từng làm quan dưới triều đình nên thái độ vớiCĐPK rất gay gắt.
+Sự khác nhau về truyền thống đấu tranh của quê hương: Trong khi Nghệ An là vùng đất đấu tranh anh dũng lâu đời bằng bạo lực vũ trang thì Quảng Nam lại là vùng đất phát triển thương mại, giao lưu kinh tế.Người dân có truyền thống đấu tranh bằng biện pháp hòa bình.
+Do mức độ tác động của chính sách khai thác thuộc địa của pháp đến những địa phương khác nhau:Trong khi Quảng Nam là trung tâm khai thác của pháp nên những chuyển biến về kinh tế tư tưởng khá rõ nét. Còn Nghệ An ngoại trừ Vinh, Bến Thủy còn hầu như tác động của cuoc khai thác không lớn không gây nên những biến đổi trong truyền thống đấu tranh của vùng này.
+Cả 2 cùng tiếp nhận tư tưởng dân chủ tư sản nhưng mức độ tiếp thu là khác nhau:PCT có lợi thế tiếp nhận tư tưởng dân chủ tư sản hơn PBC
