Vai trò của vi khuẩn trong tự nhiên là:
- Cố định nitrogen trong không khí để cung cấp cho sự sinh trưởng và phát triển của thực vật.
- Vi khuẩn phân giải xác sinh vật và chất thải động vật giúp làm sạch môi trường đồng thời nhờ sự phân giải của vi khuẩn, chất hữu cơ (chất thải của sinh vật, xác sinh vật) được phân giải thành mùn bã hữu cơ và các muối khoáng cung cấp chất dinh dưỡng cho đất rồi thực vật lại sử dụng các nguồn muối khoáng này để tổng hợp nên các chất hữu cơ.