Hệ gen ty thể chứa lượng gen ít hơn rất nhiều so với vi khuẩn, tổ tiên của chúng. Bên cạnh một số gen đã hoàn toàn mất đi, có thể vẫn còn ít gen được chuyển đến nhân, như gen mã hóa những tiểu đơn vị protein thuộc Phức hệ II trong hô hấp tế bào. Người ta cho rằng sự kiện này tương đối phổ biến xuyên suốt thời gian tiến hóa. Một vài sinh vật, như Cryptosporidium, có loại ty thể thiếu sót DNA, phỏng chừng tất cả các gen của ty thể đó khả năng đã mất hoặc bị chuyển đi.Trong Cryptosporidium, ty thể có hệ thống sản xuất ATP được tu sửa, cho thấy ký sinh trùng này đã tiến hóa chống lại nhiều tác nhân ức chế ty thể thường gặp như cyanua, azua và atovaquone.
