Đóng vai trò then chốt trong công nghệ vi sinh vật là công nghệ lên men và công nghệ thu hồi sản phẩm:
- Công nghệ lên men:
+ Thức ăn chăn nuôi
+ Bia, rượu, sữa chua,…
- Công nghệ thu hồi sản phẩm:
+ Thuốc bảo vệ thực vật sinh học (Bacillus thuringiensis - Bt)
+ Thuốc kháng sinh, vaccine
+ Chế phẩm xử lí chất thải rắn và nước thải.
+ Phân vi sinh.
+ Acid và dung môi hữu cơ,…