- Vi khuẩn Gram dương có thành tế bào được cấu tạo chủ yếu từ peptidoglycan (lớp peptidoglycan dày). Các lớp dày peptidoglycan là nguyên nhân khiến cho vi khuẩn Gram dương có thể giữ lại hầu hết chất nhuộm tím trong quá trình nhuộm, khiến chúng có màu tím.
- Trong khi đó, vi khuẩn Gram âm có thành tế bào gồm một lớp mỏng peptidoglycan và màng ngoài có lipopolysaccharid không có ở vi khuẩn Gram dương. Vì lớp peptidoglycan mỏng nên lớp này không giữ lại chất nhuộm tím của thuốc nhuộm ban đầu mà tạo ra màu đỏ trong quá trình nhuộm Gram.