a. Trước khi nuôi:
- Trước khi cấp nước vào ao, nền đáy ao nuôi cần được nạo vét, bón vôi và phơi đáy để khử trùng, diệt tạp và giảm độ chua.
- Lấy nước vào hệ thống nuôi qua túi lọc để loại bỏ sinh vật tạp và cặn vẫn.
- Khử trùng nước bằng hoá chất như chlorine, BKC, thuốc tím (KMnO), Iodine,... để tiêu diệt vi sinh vật gây hại.
- Sử dụng chế phẩm sinh học để tạo hệ vi sinh có lợi sau khi khử trùng nước từ 2 đến 3 ngày
b. Sau khi nuôi
- Sử dụng ao lắng:
Ao lắng cần được nạo vét định kỉ sau vài năm sử dụng để loại bỏ bùn đáy và tạo độ sâu cho ao, giúp duy trì khả năng chứa và lắng tụ chất thải. Có thể bổ sung chế phẩm sinh học hoặc trồng thực vật thuỷ sinh dễ tăng cường xử lí chất thải trong ao lắng. Ao cũng có thể được thả thêm một số loài cá ăn mùn bã hữu cơ hoặc ăn lọc tảo để tận dụng chất dinh dưỡng hữu cơ.
- Nước tưới cây trồng:
Ở một số vùng, nước thải từ ao nuôi cá nước ngọt có thể được sử dụng để tưới cho cây, còn gọi là mô hình nuôi kết hợp.