Lysosome chứa nhiều enzyme thuỷ phân tham gia vào quá trình tiêu hoá nội bào như phân cắt các đại phân tử hữu cơ, phân huỷ các sản phẩm dư thừa, tế bào và bào quan già, tế bào bị tổn thương không còn khả năng phục hồi. Ngoài ra, lysosome còn có vai trò bảo vệ tế bào bằng cách chống lại các tác nhân gây hại (vi khuẩn, virus, các chất độc hại).