Thoái hóa giống biểu hiện như sau: các cá thể của các thế hệ tiếp có sức sống kém dần, phát triển chậm, chiều cao cây và năng suất giảm dần, nhiều cây bị chết... bộc lộ các đặc điểm có hại như: bạch tạng, thân lùn, kết hạt ít…
Giao phối gần thường gây ra hiện tượng thoái hóa ở các thế hệ sau như: cá thể sinh trưởng, phát triển yếu, khả năng sinh sản giảm, quái thai, dị tật bẩm sinh, chết non.